Genom araştırmasının liderlerinden Wellcome Trust Sanger Institute, ProteinPaint veri toplama ve görüntüleme sistemi ile kanser genetiği veri tabanı Cosmic’i birleştirmeyi amaçlıyor.

St. Jude’s Children Research Hospital‘da kullanılacak bu birleşik sistem sayesinde pediatrik kanser vakalarında genetik mutasyonların keşfedilmesi ve daha iyi anlaşılması hedefleniyor. Söylenilene göre bu girişimle beraber iki enstitü arasında devamlı olarak kanser mutasyonlarıyla ilgili güncel veri paylaşımı yapılacak, tüm çocuk kanseri türleri için araştırma desteği sağlanacak.

St. Jude Children’s Hospital şu anda yüzlerce çocuk tümörüne DNA analizi yaparak kanserin sebebini araştırıyor. İşin zor kısmı ise hangi genetik değişkenlerin kanser oluşumuna neden olduğu ve hangilerinin şans eseri “yolcu” olduğunu tespit etmek. Bunu yapmanın tek yöntemi ise çocukluk çağı tümörü genomları ile diğer birçok tümör genomlarını karşılaştırmak.

Sanger Institute’ün kullandığı ProteinPaint basit bir yöntemle büyük miktarda bilgiyi görselleştirip araştırmacıların anlamasına yardım ediyor ve çocuklarda kanser oluşumuna sebep olan genetik değişkenlerin bulunmasını sağlıyor. Bu kadar fazla tümör genomunun karşılaştırılması içinse firmanın geliştirdiği Cosmic adlı bir veri tabanı bulunuyor. Bu veri tabanının boyutları düşündüğünüzden çok daha büyük. Öyle ki, 12 yıl boyunca gelişmekte olan 4 milyon mutasyonun verilerini barındırıyor.

“Çocukluk çağı kanserinin nedenlerini belirlemede St. Jude ile çalıştığımız için oldukça heyecanlıyız. Pek çok kullanıcımız teşhis ve ilaç geliştirme alanındaki yenilikleri desteklediği için biz de genç hastaların uzun vadede gelişimlerini destekliyoruz.”

– Sanger Institute’ten Cosmic Genel Başkanı Dr. Simon Forbes

“Bu çalışmanın pediatrik kanser topluluğunda genomik bilgi için temel kaynak olmasını istiyoruz. Bu ortaklık iki enstitü arasında veri paylaşmamıza olanak sağlayacak ve kanserin sebeplerini anlamamıza yardım edecek.”

– St. Jude Hesapsal Biyoloji Departmanı Başkanı Dr. Jinghui Zhang

 

Kaynak:

• http://www.sanger.ac.uk/news/view/childhood-cancer-targeted-sanger-institute-and-st-jude-children-s-research-hospital-data